پيروزي در ملازگرد، بهمراه فتوحات سلجوقيان، مسير جديدي براي مهاجرت تركمن‌ها به غرب فراهم آورد. قرارداد صلحي كه پس از پيروزي، بين آلپ ارسلان با رومانوس ديوژنس- امپراتور شكست خورده بيزانس بسته شد- با مرگ او نقض گرديد و آلپ ارسلان دستور فتح آناتولي را صادر كرد. تركمن‌ها تحت فرماندهي افرادي چون پسران قوتالمش، سليمان، منصور، آلپ ايلك، و «دولت» به سرزمين‌هايي كه تا بدان وقت پاي بر آنها ننهاده بودند، پيش رفتند. امپراتور ميخائيل به پيروي از سخنان مشاوران بزدلش در مقابل تركمن‌هاي مهاجم، اقدامي صورت نداد و اهالي رومي آناتولي را بهمراه اموال منقولشان به بالكان منتقل نمود. بدينگونه تركمن‌ها سرزمين خالي از سكنه‌ي آناتولي را به سرعت اشغال نمودند. همه‌ي آناتولي- به استثناي نوار ساحلي- در مدت كوتاهي به دست تركمن‌ها افتاد. تركمن‌هاي كوچ نشين، آناتولي صاحب مراتع وسيع و خاك حاصلخيز را با همراهي اهالي يكجانشين آسياي مركزي، اشغال كردند.

جنگ‌هاي صليبي كه مدتي پس از كوچ تركمن‌ها آغاز شد، براي مدتي كوتاه، تركمن‌ها را از آناتولي غربي بيرون راند. با تداوم افزايش نفوس تركان در آناتولي مركزي و شرقي، كيفيت مقاومت و پايداري در مقابل صليبيون ارتقاء يافت. از طرف ديگر اميرنشين‌هاي اوليه تركمن چون تركمن‌هاي آناتولي بني آرتوق، بني دانشمند، اخلاط شاهلار، منگو جك‌لر و سالتوق‌ها در حين فتوحات و در همان اراضي پا به عرصه‌ي وجود نهادند.

سلجوقيان آناتولي كه به مناسبت خويشاوندي با سلجوقيان بزرگ ]سلجوقيان شرق يا ايران[ و در سايه‌ي مديريت درست، نسبت به ديگران در موضع برتري قرار گرفته بودند، با گسترش جنگ‌هاي صليبي عامل تبديل قطعي آناتولي به سرزمين ترك، يعني تبديل آن به «تركيه» شدند و در جنگ «ميريوكفالون» مقاومت بيزانس در آناتولي راكاملاً نابود كردند.

دولت سلجوقيان تاسيس شده به دست تركمن‌هاي كوچ‌نشين، بويژه پس از حاكميت بر ايران، وظيفه‌ي امور اداري- دولتي را به مديران بومي واگذار نمود و تحت تاثير آنها، رسم كوچ‌نشيني را ترك كرد و فرهنگ يكجانشيني ايراني را پذيرفت. عدم واگذاري كارهاي اداري به تركمن‌ها منجر به موضع‌گيري ضد حاكميت ایشان گردید. ابوالغازي از اين تحول به عنوان «فريب خوردگي» تعبير مي‌كند و با اين عبارت كه، سلجوقيان با وجود برادر بودن، بدون برادرند، فايده‌اي به ايل و خلق نرساندند، گله و شكايت مي‌كند. از طرف ديگر شاهد پيدايش اختلاف بين شاخه‌هاي ماوراءالنهري و ايراني خاندان سلجوقي هستيم. آنها كه ابتداء- در حاليكه خود را منسوبان متواضع و فروتن طايفه‌ي قنيق و نوادگان سلجوق پسر دقاق معرفي مي‌كردند- در ايران شجره‌نامه‌ي يافتند ]در واقع بافتند[ كه نسب به قهرمان حماسی مشهور «افراسياب» مي‌رساند.

تركمن‌ها رنجش خود از حكام سلجوقي را- كه از عدم بهره‌مندي از نعمات دولت ريشه مي‌گرفت- هيچ وقت كتمان نمی كردند. آنها در مجادلات و درگيريها بر سر تاج و تخت، آشكارا در كنار مخالفين جاي مي‌گرفتند و از مخالفت عليه دولت حمايت و پشتيباني مي‌نمودند.

تحقق- عملي انديشه‌ي خواجه نظام الملك وزير، براي از بين بردن عدم اعتماد تركمن‌ها نسبت به دولت، از طريق وارد كردن 1000 جوان تركمن به تشكيلات دولت مركزي و «متمدن» ساختن تدريجي ايشان و برقراري حقوق جهت آنها بسيار سخت و مشكل بود. زيرا مفهوم دولت در ذهن نظام‌الملك، خدمت به دولت، ايجاد رابطه قلبي، صداقت نسبت به تشكيلات دولتي، يعني خدمت كردن به دولت بود، در صورتيكه از جملات ابوالغازي- كه در بالا اشاره شد- اينگونه مستفاد مي‌شود كه تركمن‌ها خواستار «خدمت دولت» به آنها بوده‌اند و اين كار آن‌گاه عملي مي‌شد كه همه‌ي تشكيلات مديريتي در دستان آنها قرار مي‌گرفت.

فرمانروايان سلجوقي كه از نارضايتي تركمن‌ها مطلع بودند، براي تدبير امور، يكي از اين دو شيوه را برمي‌گزيدند. يا از آنها به عنوان وزنه ی تعادل در مقابل گروههايي كه در برابر دولت مقاومت مي‌كردند و كنترل آنها در مناطق كوهستاني دشوار بود، استفاده مي‌كردند، يا پس از سوق دادن آنها به مناطق مرزي، عكس‌العملي در مقابل حملات غارتگرانه‌ايشان به قلمرو ارمني‌ها، گرجي‌ها و بيزانس نشان نمي‌دادند. اين سياست اساساً وجه متفاوتي از مديريت گسترش مرزهاي سلجوقيان در سرزمين‌هاي مسيحيان بود. كوچ‌نشين‌هايي كه هرگز به مرزهاي سياسي اعتنايي ننموده، بلاانقطاع به اراضي بيزانس و يا ارامنه نفوذ مي‌نمودند و به مزارع يكجانشينان و روستاهاي آنها خسارت وارد مي‌كردند. بدينصورت زمينه‌ي عقب‌نشيني هر چه بيشتر اهالي به داخل فراهم مي‌شد و عرصه‌هاي چراي دام و كشاورزي حاصل مي‌گشت.

سوق دادن مداوم تركمن‌ها به نواحي مرزي، سرعت روند تركي شدن آناتولي و آذربايجان را افزايش داد. اران، اروميه، مغان، نخجوان، خوي، اردبيل، در شمال آذربايجان، در مقايسه با شرق آذربايجان، تعداد بيشتري از تركمن‌ها را درخود جاي داد. علت اين امر علاوه بر دارا بودن روستاهايي وسيع و اراضي غني، واقع بودن آنها در مرزهاي ارمنستان و گرجستان بود. بگ‌هاي تركمن اين مناطق، اكثراً مرفه بودند و بخاطر حضور در نواحي مرزي، بلاانقطاع به چپاول و غارت ارمنستان و گرجستان مي‌پرداختند. تركمن‌هايي كه به آناتولي سوق داده شدند،  زندگي كوچ‌نشيني خود را ترك نكرده، در نواحي مرزي به مقتضاي آن نوع زندگي به ييلاق و قشلاق ادامه دادند، يا تدريجً به زندگي يكجانشيني روي آوردند. تركمن‌هايي كه به زندگي يكجانشيني وارد شده، به كشاورزي مشغول گشتند، «ترك» ناميده شدند. بدين ترتيب اسم تركمن در آناتولي به معناي «كوچ‌نشين» كاربرد پيدا نمود.

تركمن‌ها فقط در آذربايجان و آناتولي گرد نيامدند، «ييواها» در فارس، «افشارها» در خوزستان، و در غرب ايران ابتدا سالورها و سپس ييواها، اكثريت مهمي را تشكيل مي‌دادند. شهرهاي «زور»، «موصل» و «شام» از ديگر مناطق تجمع و تمركز تركمن‌ها بود. تركمن‌هاي كرمان هم، بهمراه قرا ارسلان قاورد، از خاندان سلجوقي به آنجا رفته بودند.

به موازات كاهش تعداد تركمن‌ها در خراسان- كه دولت سلجوقي در آن پایه گذاری شده بود- و در اثناي استيلاي مغولان، مغول‌ها 10000 سوار تركمن را به آناتولي گسيل كردند و عليرغم حضور نيروي قابل توجهي در منطقه، برخي از گروهها به حيات خويش در اقامت گاههايشان ادامه دادند. تركمن‌هاي منغشلاق و بالخان- كه خطرات مغولان تاثير زيادي بر آنان نداشت- به عنوان تركمن‌هاي «ماوراء خزر» يا «تركمن‌هاي ياقا» ارکان تركمنستان امروز را تشكيل دادند.

همزمان با شروع نمايان شدن اثرات استيلاي مغولان، موج بزرگ دوم مهاجرت از آذربايجان و خراسان به سمت آناتولي آغاز گشت. تركمن‌ها با آمدن مغولان به «مغان» مراتع وسيع و اراضي حاصلخيز را رها كرده و به آناتولي روانه شدند، در حاليكه گروهي متشكل از 000/60 خانوار مقيم حوالي «الشگرت» مستقيماً به «اخلاط جنوبي» عقب مي‌نشستند، جمعي ديگر از تركمن‌ها كه حدوداً 000/60 خانوار مي‌شدند، مساكن قبلي خود در  «اسپير» ، «بايبورت» و «پاسين‌ها» را ترك نموده، تا «ارزنجان» «سينوپ» و «عين تب» پراكنده مي‌شدند. اين تركمن‌هارا- كه اجتماعاتي چون «موران و ملخ‌ها» تشكيل مي‌دادند- شاه سلجوقي به سمت مرزها سوق مي‌داد. چپني‌هاكه به كناره‌هاي غربي درياي سياه، گسيل شده بودند، با حركت مستقيم به شرق باعث تركمن شدن كناره‌هاي درياي سياه گرديدند. تركمن‌هايي كه در مرزهاي امير ارمني «چوكوراووا» جمع آمده بودند، نيز زمينه‌ي تحقير و تضعيف كامل آن دولت كوچك را فراهم آوردند.

از طرف ديگر ضرر و زياني كه تركمن‌ها با اخلال در مرزهاي بيزانس ايجاد مي‌كردند از نظر حكام بيزانس به عنوان حوادثي عادي ارزيابي مي‌شدند. در حقيقت پس از مدت زماني كوتاه، كه كار از كار گذشته بود، متوجه شدند كه گرفتار چه فلاكتي شده‌اند. تركمن‌ها كه از تضییقات مغولان دچار وحشت و ترس شده، گريخته بودند، با حركتي جسورانه از «قسطمونو» و «چانكري» به مرزهاي بيزانس وارد مي‌شدند. همان گونه كه تركان از مقابل مغولان مي‌گريختند، روميان نيز از برابر تركان فرار مي‌كردند و با وضعيتي پريشان به «ازميت» يا آنسوي «تنگه بسفر» عقب مي‌نشستند. اين امر چنان جابجايي مدهشی ايجاد نموده بود، كه حتي راهب‌هايي كه در حجره‌هايشان چپيده بودند نيز آن جاها را ترك نموده بودند. تركمن‌ها و روميان بعضاً عهد نامه‌هايي بين خودشان امضاء مي‌كردند و بدين گونه مهاجرين تركمن در شهرهاي روم سكونت پيدا مي‌كردند.