در زمان حاکمیت « نار بوتا بی» ( در حدود 1798- 1770) بیشتر فرغانه تحت رهبری مینگ ها یکپارچه شد و پسرش « عالم خان» ( 1810-1798) به عنوان" خان" اعلام گردید. بدین وسیله یک سلسله ی جدید حکومتگر در آسیای مرکزی تاسیس گردید، که موقعیتی در حد و اندازه ی موقعیّت بخارا و خیوه داشت. شجره نامه ی افسانه ای ساخته و پرداخته شد ونسب سلسله ی مینگ را به " تیموریان" و" چنگیزیان" رساندند.

در نیمه ی اوّل قرن 19/ م خوانین مینگ مبادرت به گسترش شدید قلمروخود در ماورای درّه ی فرغانه نمودند. عالم خان در سال 1805" خجند" و بسال 1809 "تاشکند " را متصرّف گردید. عمرخان ، پسر و جانشین او، در سال 1816 شهر ترکستان را متصرف شد و قلمرو خوقند را در بخش های جنوبی استپ قزاقستان گسترش داد. محمد علی« مادالی خان» ( 1842-1823) مناطق وسیعی را از« یدی سو»( سمیرچه) و «تیان شان مرکزی» به خاک خود ملحق ساخت و قبایل قرقیزساکن این مناطق را مطیع نمود.نیروهای او دو بار ( در سال های 1826 و 1830) به کاشغر هجوم آوردند، که نتیجه ی پایداری بهمراه نداشت.

خان نشین خوقند در دهه های اوّل قرن 19/ م شاهد رشد اقتصادی سریعی بود،که این امر مرهون سرازیر شدن جمعیّت زیادی از ماوراء النهر،توسعه ی شبکه های آبیاری توسط حکومت و به ویژه رشد سریع تجارت با روسیه از طریق تاشکند، بود.از نظر فرهنگی، این دوره با فعالیّت های شدید ساختمانی در درّه های فرغانه، رشد و شکوفایی ادبیات و شاعری- هم به زبان فارسی وهم به ترکی- و به ویژه با رهبری عمر خان- که خود نیز شاعر بود- شناخته و متمایز می گردد.

به هر تقدیر، در اوایل دهه ی چهل قرن 19/ م این خان نشین وارد یک دوره ی تقریبآ بدون انقطاع آشوب های سیاسی و منازعات داخلی و شورش بود.علّت این مسائل، درگیری های گروه های عمدتآ نا متجانس قومی ( ازبک های یکجا نشین،سارت ها و تاجیک ها، قبچاق های ایلیاتی، قرقیز ها و قزّاق ها) که با جنگ های متعدّد با خان نشین همسایه، بخارا همراه شده بود.

اقتدار حکومت مرکزی به مقدار قابل ملاحظه ای تضعیف گردید.خان نشین قادر نبود مقاومت موثّری در مقابل روس ها انجام دهد، روسیه ای که پیشروی نظامی خود را به داخل قلمروی خان نشین در سال 1853 آغاز نموده بود. روس ها در سال 1865 تاشکند را متصرّف شدند ودر سال 1866 خجند رافراچنگ آوردند. در حدود 1868 قلمروی خان نشین ، به درّه ی فرغانه محدود گشته بود و ناگزیر شد با روسیه قرادادی تجاری امضاء نماید ، که عملآ به معنای پذیرش تحت الحمایگی آن کشور بود. در سال 1875 شورش همگانی علیه حکومت ظالمانه ی « خدایارخان» روی نمود، که بدست نیروهای روس فرو نشانده شد. در سال 1876 خان نشین منقرض گردید و خاک آن به سرزمین های تحت اداره ی فرماندهی کل روسیه در ترکستان منضم گردید.

محمد قجقی. گنبد کاووس