وی در سال 1960 به دلیل ثبت نامش در فهرست «147 دانشگاه منع شده از دانشگاه های ترکیه» که از سوی دولت منتخب نظامیان کودتاگر تهیه شده بود، ترکیه را به مقصد آلمان ترک کرده و فعالیت های علمی خود را در دانشگاه فرانکفورت ادامه داد. در سال 1965 دومین پایان نامه دکترای خود را به این دانشگاه تقدیم کرده و یک سال بعد به رتبه پروفسور ارتقا یافت.

پروفسور سزگین بر 27 زبان خارجی از جمله سریانی، عبری، لاتین، عربی و آلمانى مسلط بود. وی علاوه بر عضویت در بسيارى از آکادمی هاى بین المللی، شمار زیادی جایزه و نشان افتخار نيز داشت.