تا چهارسالگی در محله سرچشمه زندگی کرد. در هفت‌سالگی به مدرسه ابتدایی آمریکایی رفت و دوره شش‌ساله ابتدایی را در این مدرسه گذراند. در دوران تحصیل در دبیرستان البرز کتابدار کتابخانه‌ دبیرستان نیز بود. سال ۱۳۱۳ وارد دانشسرای عالی شد و نزد استادانی چون سیدمحمد مشکوه و علی‌اکبر شهابی درس خواند. نخستین مقاله خود را در ۱۳۱۵ درباره‌ «مطالعات تاریخی و جغرافیایی - مسافرت به قلعه الموت» نوشت.

در سال ۱۳۱۷ در رشته‌ ادبیات فارسی لیسانس گرفت. در همین دوره در اداره‌ فرهنگ گیلان و دبیرستان شرف تهران تدریس می‌کرد. در سال ۱۳۲۴ با فاطمه (شکوه اقدس) شمشیرگران ازدواج کرد. در سال ۱۳۲۹ از رساله‌ دکتری خود زیر نظر استاد بدیع‌الزمان فروزانفر با عنوان «قلاع اسماعیلیه در رشته‌کوه‌های البرز» دفاع کرد.

فهرست کتاب‌های منوچهر ستوده بیش از 50 جلد است و کتاب‌ها و مقالات او نشانه‌ دلبستگی ژرف و عمیقش به تاریخ و پیشینه‌ فرهنگ ایرانی است.