در 95ق‌ تيمور به‌ دنبال‌ لشكركشى‌ دوم‌ خود به‌ ايران‌، چون‌ شاه‌ منصور آل‌ مظفر را در شيراز به‌ قتل‌ آورد، سرش‌ را براي‌ احمد جلاير به‌ بغداد فرستاد و از او خواست‌ تا خطبه‌ و سكه‌ به‌ نام‌ وي‌ كند، اما احمد وقعى‌ ننهاد. تيمور نيز در شوال‌ 95، بدون‌ جنگ‌ بر بغداد دست‌ يافت‌، ولى‌ شهر را تاراج‌ كرد. احمد به‌ دشواري‌ خود را از مهلكه‌ بيرون‌ كشيد و به‌ گفتة برخى‌، با فرزند خود طاهر به‌ دژ مستحكم‌ النجق‌ در نزديكى‌ ماكو و ساحل‌ رود ارس‌ پناه‌ برد و سپس‌ به‌ شام‌ و پس‌ از آن‌ به‌ قاهره‌ رفت‌ و سلطان‌ برقوق‌ او را بنواخت‌ و قول‌ داد كه‌ او را براي‌ رسيدن‌ به‌ تاج‌ و تخت‌ ياري‌ رساند.
احمد در رمضان‌ 96 با كمك‌ برقوق‌، خواجه‌ مسعود خراسانى‌، نايب‌ تيمور را از بغداد راند و بار ديگر اين‌ شهر را فرا چنگ‌ آورد. در «يورش‌ سالة» تيمور 01 -07ق‌، احمد به‌ دربار عثمانى‌ پناهنده‌ شد و از سوي‌ بايزيد نواخت‌ يافت‌. تيمور از بايزيد خواست‌ تا احمد را به‌ او تحويل‌ دهد؛ اما سلطان‌ عثمانى‌ احمد جلاير را بر آن‌ داشت‌ تا خاك‌ عثمانى‌ را ترك‌ كند. احمد بار ديگر مقارن‌ لشكركشى‌ تيمور به‌ عثمانى‌ كه‌ به‌ شكست‌ و اسارت‌ بايزيد انجاميد، بر بغداد دست‌ يافت‌، اما در 05ق‌ با حملة قرايوسف‌ قراقويونلو به‌ بغداد، اين‌ شهر را رها كرد و به‌ شام‌ گريخت‌ و در صفر 06 به‌ حلب‌ وارد شد و مدتى‌ را در لباس‌ فقرا سپري‌ كرد؛ تا اينكه‌ پس‌ از مرگ‌ تيمور 07ق‌ دقيقاً دو سال‌ پس‌ از فرار از بغداد، بار ديگر بر اين‌ شهر چيره‌ شد.
احمد جلاير پس‌ از استقرار در بغداد، به‌ تسخير آذربايجان‌ تختگاه‌ سابق‌ جلايريان‌ همت‌ گماشت‌ و در 09ق‌ در پى‌ غيبت‌ ابوبكربن‌ ميرانشاه‌ نوادة تيمور از آذربايجان‌ و كشمكشهاي‌ امراي‌ آن‌ نواحى‌ بر سر حكومت‌، به‌ تبريز تاخت‌ و آن‌گاه‌ كه‌ دريافت‌ ابوبكر به‌ آذربايجان‌ باز مى‌گردد، بى‌درنگ‌ به‌ بغداد روانه‌ شد. در 11ق‌ كه‌ احمد به‌ خوزستان‌ رفته‌ بود، بار ديگر قلمرو حكومت‌ جلايريان‌ را آشوب‌ و ناآرامى‌ فرا گرفت‌. از يك‌ سو علاءالدوله‌، پسر احمد، سر به‌ عصيان‌ برداشت‌ و از سوي‌ ديگر اويس‌ نامى‌ در بغداد مدعى‌ شد كه‌ فرزند احمد است‌. سلطان‌ جلايري‌ كه‌ در اين‌ زمان‌ پس‌ از فتح‌ شهرهايى‌ چون‌ هويزه‌ و شوشتر به‌ رامهرمز رسيده‌ بود، بى‌درنگ‌ به‌ بغداد بازگشت‌. نخست‌ با پرداخت‌ 0 هزار دينار به‌ اويس‌، غائلة او را خاتمه‌ داد، سپس‌ نامه‌اي‌ به‌ قرايوسف‌ نوشت‌ و از كردة علاءالدوله‌ كه‌ اندكى‌ قبل‌ به‌ تبريز رفته‌، و آشوبها به‌ راه‌ انداخته‌، و قرايوسف‌ او را حبس‌ كرده‌ بود، عذر خواست‌؛ اما قرايوسف‌ به‌ سلطان‌ جلايري‌ پاسخ‌ مساعدي‌ نداد و در 13ق‌ احمد جلاير را به‌ سختى‌ شكست‌ داد و او را به‌ قتل‌ رساند.
حكومت‌ احمد براي‌ مردم‌ آذربايجان‌ و عراق‌ سراسر بدبختى‌ و تيره‌روزي‌ بود و اين‌ نواحى‌ پيوسته‌ مورد هجوم‌ تيمور يا سلسله‌هاي‌ رقيب‌ قرار داشت‌، و بغداد و تبريز كه‌ در روزگار نياكان‌ وي‌ به‌ صورت‌ كانونهاي‌ هنري‌ و ادبى‌ درآمده‌ بود، به‌ سبب‌ تاخت‌ و تازهاي‌ تيمور سخت‌ آسيب‌ ديد. با اين‌همه‌، سلطان‌ جلايري‌ از پشتيبانان‌ جدي‌ شعر و هنر، و دربار او كانون‌ نقاشان‌ و هنرمندان‌ بود. زكرياي‌ قزوينى‌ كتاب‌ مصور عجائب‌ المخلوقات‌ را در 90ق‌ براي‌ كتابخانة اين‌ سلطان‌ جلايري‌ تهيه‌ كرد. احمد جلاير خود نيز نقاشى‌ چيره‌دست‌ بود و به‌ زبان‌ فارسى‌، عربى‌ و تركى‌ شعر مى‌گفت‌. گفته‌اند احمد در موسيقى‌ نيز دست‌ داشته‌، و آثاري‌ در اين‌باره‌ تأليف‌ كرده‌ است‌.*